Сравнение согласованности обнаружения патогенов между метагеномными следующими

Научные отчеты, том 13, Номер статьи: 9460 (2023) Цитировать эту статью

Подробности о метриках

Применение метагеномного секвенирования нового поколения (mNGS) постепенно стало применяться практикующими врачами. Однако в немногих исследованиях его сравнивали с культурами крови у пациентов, страдающих подозрением на инфекции кровотока. Целью данного исследования было сравнить обнаружение патогенных микроорганизмов этими двумя методами у пациентов с подозрением на инфекцию кровотока. Мы ретроспективно изучали пациентов с лихорадкой, ознобом, приемом антибиотиков более 3 дней, подозрением на инфекцию кровотока и поступлением в отделение неотложной помощи больницы Жуйцзинь с января 2020 года по июнь 2022 года. У всех пациентов в один и тот же день взяли кровь на mNGS и mNGS. культуры крови. Клинические и лабораторные показатели собирались в день взятия крови. Проведено сравнение выявления патогенных микроорганизмов двумя методами. Факторы риска и внутрибольничная смертность у пациентов с инфекциями кровотока анализировались отдельно для этих двух анализов. У всех 99 пациентов частота выявления патогенных микроорганизмов в мНГС крови была достоверно выше, чем в культуре крови. mNGS крови соответствовал результатам посева крови только в 12,00% всех положительных результатов тестов на бактерии и грибки. Уровень СРБ связан с бактериемией, фунгемией и виремией, определяемыми с помощью mNGS крови. У пациентов с положительной культурой крови не удалось обнаружить явных факторов риска. У пациентов в критическом состоянии оба теста не смогли улучшить результаты лечения. У пациентов с подозрением на инфекцию кровотока mNGS еще не является полной заменой посева крови.

Инфекция кровотока (BSI) — это инфекция, вызываемая патогенами, проникающими в кровоток и распространяющимися с кровью, причем BSI может проявляться в виде бактериемии, фунгемии и виремии. Это системное инфекционное заболевание, которое в тяжелых случаях может перерасти в сепсис, вызывая шок, диссеминированное внутрисосудистое свертывание крови и полиорганную недостаточность. Заболеваемость BSI колеблется от 113 до 204 на 100 000 населения1,2 и ежегодно увеличивается3,4. Инфекция кровотока имеет высокий уровень смертности, продлевает время госпитализации, увеличивает затраты на госпитализацию и наносит серьезный вред2,5,6. Поэтому, помимо профилактики, все большее внимание уделяется раннему выявлению возбудителей.

По сравнению с традиционными культурами крови метагеномное секвенирование нового поколения (mNGS) имеет преимущества, заключающиеся в широком диапазоне, высокой скорости и отсутствии необходимости в культуре при диагностике патогенных микроорганизмов посредством высокопроизводительного секвенирования7. Однако его использование при инфекциях кровотока не получило популяризации из-за его высокой цены. В нескольких исследованиях изучались результаты анализов mNGS и культуры крови. Целью данного исследования было сравнить обнаружение патогенных микроорганизмов с помощью этих двух анализов у ​​пациентов с подозрением на инфекцию кровотока.

Мы ретроспективно изучили пациентов с подозрением на инфекцию кровотока, поступивших в отделение неотложной помощи больницы Жуйджин с января 2020 года по июнь 2022 года.

Критерии включения были следующими: все пациенты были ≥ 16 лет и при этом имели максимальную температуру тела выше 38,5 °C, озноб и прием антибиотиков более 3 дней. Тестирование mNGS крови проводилось в день взятия культуры крови. Это исследование было одобрено Комитетом по этике больницы Жуйцзинь, входящим в состав Медицинской школы Шанхайского университета Цзяо Тонг, и предоставило отказ от информированного согласия. Анализ данных проводился в соответствии с этическими стандартами, изложенными в «Хельсинкской декларации 1964 года» и ее более поздних поправках или сопоставимых этических стандартах.

Набор аэробных и анаэробных образцов бутылочной крови был собран из двух разных частей тела пациента с использованием асептических методов и культивирован в течение 5–7 дней, когда температура тела составляла ≥ 38,5 °C. Объем забора крови в каждом флаконе составлял около 5–10 мл. Посевы крови проводили в соответствии со стандартными операционными процедурами клинической микробиологии. В качестве полностью автоматизированного аппарата для культуры крови использовали BACTECFX (Becton, Dickinson and Company, США). Идентификацию бактерий проводили с использованием системы обнаружения VITEK MS (BioMérieux, Marcyl'Etoile, Франция). Положительная культура крови определялась как обнаружение в крови конкретного патогена, такого как бактерии или грибы, а отрицательная культура крови определялась как отсутствие каких-либо микроорганизмов, растущих в течение инкубационного периода. Вопрос о том, считались ли культуры крови зараженными, определяли два заместителя главного врача.